EIGRP tiene la capacidad para enrutar varios protocolos diferentes, incluidos IPv4 e IPv6, mediante el uso de módulos dependientes de protocolo (PDM). Si bien ahora son obsoletos, EIGRP también usaba PDM para enrutar los protocolos de capa de red IPX de Novell y Apple Talk de Apple Computer.

Los PDM son responsables de tareas específicas de los protocolos de capa de red. Un ejemplo de esto es el módulo de EIGRP, que es responsable de enviar y recibir paquetes EIGRP encapsulados en IPv4. Este módulo también es responsable de analizar los paquetes EIGRP y de informar a DUAL la nueva información recibida. EIGRP pide a DUAL que tome decisiones de routing, pero los resultados se almacenan en la tabla de routing IPv4.

Los PDM son responsables de las tareas específicas de routing de cada protocolo de capa de red, incluido lo siguiente:

Cuando un router descubre a un nuevo vecino, registra su dirección y su interfaz como una entrada en la tabla de vecinos. Existe una tabla de vecinos para cada módulo dependiente de protocolo, como IPv4. EIGRP también mantiene una tabla de topología. La tabla de topología contiene todos los destinos que anuncian los routers vecinos. También existe una tabla de topología separada para cada PDM.